Ішкі қысымның күшеюі жағдайында ол 1999 жылдың аяғында отставкаға кетті және оның орнына бірнеше ай бұрын премьер-министр етіп тағайындаған өзінің мұрагері Владимир Путин президент болды. Ол қызметтен кеткеннен кейін беделін төмендетті және 2007 жылы қайтыс болғаннан кейін мемлекеттік жерлеу рәсімі өтті.