Енгізілген ҚҚС есептеу шот-фактуралар мен түбіртектерді жинауды, ҚҚС туралы ақпаратты тексеруді және ҚҚС сомасын қорытындылауды қамтиды. Шығарылатын ҚҚС сатудан түскен кірісті анықтау, қолданыстағы ҚҚС ставкасын қолдану және төленуге тиіс ҚҚС есептеу арқылы есептеледі.