Мүмкін қауіптер Ықтимал пайдасына қарамастан, ноотропты препараттардың жанама әсерлері жоқ емес. Олардың кейбіреулері бас ауруы, жүрек айну, тітіркену және тіпті ұйқының бұзылуына әкелуі мүмкін. Сонымен қатар, кейбір ноотропты препараттарды ұзақ уақыт қолдану тәуелділікті тудыруы және препараттың тиімділігін төмендетуі мүмкін.