Цефтриаксонның жалпы плазмалық клиренсі 10-22 мл/мин құрайды. Бүйректік клиренсі 5-12 мл/мин. Цефтриаксонның 50-60%-ы өзгермеген күйде бүйрекпен, ал 40-50%-ы ішек арқылы өзгермеген күйде шығарылады. Цефтриаксонның жартылай шығарылу кезеңі ересектерде шамамен 8 сағатты құрайды.