Оның штаб-пәтері Лубянка алаңында, Мәскеудің орталығында, бұрынғы КГБ-ның бас ғимаратында орналасқан. ФСБ директорын Ресей Президенті тағайындайды және оған тікелей бағынады. Ресми түрде ресейлік атқарушы биліктің бір бөлігі болып табылатын ФСБ оған қатысты шешуші болмаса да, айтарлықтай билікке ие.