Ағзалар мен жүйелерге зиян келтіруі мүмкін. Осы препараттардың кейбірі иммундық жүйеңіздің жүрек, бауыр, өкпе, бүйрек немесе ішек сияқты органдарға шабуыл жасауына себеп болуы мүмкін. Бұл жылдам түзету емес. Кейбір жағдайларда иммунотерапия басқа емдеу әдістеріне қарағанда ұзаққа созылады.