Молекулалық филогенетика екі организм үшін де, олар қолдайтын гендер үшін де осы қатынастарды анықтау үшін реттілік деректерін пайдаланады. Көпшілікке қолжетімді реттілік деректерінің үлкен көлемімен филогенетикалық қорытындылар биологияның барлық салаларында маңыздырақ бола түсуде.