Арнайы операциялардың әдеттегі әскери операциялардан мақсаты (барлау, диверсия, диверсия және т.б.) жағынан да, әдістерімен де (құпиялылық пен құпиялықты арттыру) айырмашылығы бар. Әскери СО арнайы күштермен (барлау, диверсия және т.б.) жүзеге асырады.