Комплаенс қызметі ішкі аудит қызметінен айырмашылығы, комплаенс функцияларын жүзеге асыру мақсатында тәуекелдерді басқару әдіснамасын практикалық енгізуді жүзеге асырады. Ішкі аудит қызметі сәйкестік функцияларын жүзеге асыру нәтижелерінің сапасын бағалайды.