Амоксициллин әртүрлі бактериялық ауруларды емдеу үшін қолданылады. Оның бактериялардың көптеген штаммдарына қарсы тиімділігі дәрігерлердің оны күшті антибиотик деп санайтынын түсіндіреді. Ол күресетін бактерияларға E. coli, Salmonella, Streptococcus түрлері, Listeria monocytogenes және Clostridia түрлері жатады.