Цефтриаксонды жаңа туған нәрестелерге, әсіресе билирубиндік энцефалопатияның даму қаупі бар шала туған нәрестелерге қолдануға болмайды («Қолдануға болмайтын жағдайлар» бөлімін қараңыз). Ұзақ мерзімді емдеу кезінде перифериялық қанның суретін, бауыр мен бүйректің функционалдық жағдайының көрсеткіштерін үнемі бақылау қажет.