Оның штаб-пәтері Лубянка алаңында, Мәскеудің орталығында, бұрынғы КГБ-ның бас ғимаратында орналасқан. ФСБ директорын Ресей Президенті тағайындайды және оған тікелей бағынады. Ресми түрде ресейлік атқарушы биліктің бір бөлігі болып табылатын ФСБ оған айтарлықтай, тіпті шешуші билікке ие.