НПО жалпы режимді және оңайлатылған салық салу жүйесін (ҚТЖ) қолдана алады. Коммерциялық емес ұйымның оңайлатылған салық жүйесін қолдануының ерекшелігі осы салық салу режимін қолдануды шектейтін кіріс шегін анықтау кезінде (60 миллион рубль) мақсатты қаржыландырудан түсетін кіріс есепке алынбайды.