Микроорганизмдерге негізінен бір жасушалы организмдер – бактериялар, микроскопиялық саңырауқұлақтар мен балдырлар, қарапайымдылар, сонымен қатар жасушалық емес ұйымы бар организмдер – вирустар жатады. Атауының өзі көрсетіп тұрғандай, микроорганизмдерге жатқызылған объектілер шағын өлшемдеріне қарай анықталды.