Патша өмірінің соңғы айлары үлкен қайғының көлеңкесінде болды: әйелі босанудан қайтыс болды, ал жаңа туған мұрагер де анасымен бірге қайтыс болды. Федор I Алексеевич Романов 1682 жылы 27 сәуірде 22 жасында цинга ауруының өршуінен қайтыс болды. Патша Федор Алексеевич қайтыс болғаннан кейін оның Ресей тағының мұрагері туралы мәселе туындады.