Антибиотиктерді қабылдағаннан кейін бактериялардың кейбір түрлері мүлде қалпына келмейді. Егер салмақты реттейтін бактериялардың тепе-теңдігі бұзылса, бұл семіздікке әкелуі мүмкін. Бактериялардың басқа түрлерінің жетіспеушілігі атеросклерозға, 2 типті қант диабетіне, ойық жаралы колитке және Крон ауруына әкелуі мүмкін.