Темекі шегудің ішек ауруларына әсері ішектің суару және микробиомасының өзгеруі, шырышты қабықтың өткізгіштігінің жоғарылауы және шырышты қабықтың иммундық жауаптарының бұзылуын қамтиды. Дегенмен, темекі шегуді ішек микробиотасының дисбиозымен байланыстыратын негізгі механизм негізінен белгісіз.