Ең көп тараған теорияға сәйкес, X және Y хромосомалары ертедегі сүтқоректілерде организмнің дамуын басқаратын генді (хромосоманың бір бөлігі) дамытқанда бірдей хромосомалардың жұбынан пайда болған. еркек түрі. Бұл генді тасымалдайтын хромосомалар Y хромосомаларына, ал бұл жұптағы екінші хромосома Х хромосомасына айналды.