Инклюзивті білім берудің бар проблемалары мен қиындықтары келесі мәселелерге байланысты. Біріншіден, балалар тобы ерекше баланы әрқашан «өзінің бірі» ретінде қабылдай бермейді. Екіншіден, мұғалімдер инклюзивті білім беру идеологиясын меңгере алмайды және оқыту әдістерін енгізуде қиындықтарды бастан кешіреді.